由于雙方爭執(zhí)不下，索額圖見戈洛文強要以黑龍江為界，乃遵照康熙帝的“爾等初議時，仍當(dāng)以尼布潮為界，彼使者若懇求尼布潮，可即以額爾古納為界”的諭令作出讓步，表示可以將尼布楚一帶讓與俄國，以石勒喀河、鄂嫩河至因果達(dá)河一帶為界。盡管如此，戈洛文仍堅不接受。索額圖為了達(dá)成和解，繼續(xù)退讓，先是提議以從北面流入石勒喀河的綽爾納河為界，俄方不允;后又提出北面以注入石勒喀河的格爾必齊河為界，南面以額爾古納河為界，戈洛文才勉強同意。對中方提出的劃分俄國新占領(lǐng)的西伯利亞與毗鄰的喀爾喀之間的邊界問題，戈洛文則借口沙皇并無指示，且喀爾喀已為噶爾丹占領(lǐng)，清朝無資格與俄國談判此問題，予以拒絕。

由于俄國的這一態(tài)度，清方不得不放棄與俄國談判清俄中段邊界的打算。噶爾丹入侵喀爾喀雖然使清政府在尼布楚談判中處境被動，但俄方也并非沒有不利之處。首先是俄國在西伯利亞兵力不足;其次喀爾喀部大量南遷，使俄國看到蒙古的人心所向。此外在談判的關(guān)鍵時刻，大約有600一700喀爾喀蒙古人對俄國占領(lǐng)下的尼布楚發(fā)動了進(jìn)攻，欲投奔清政府使團，尼布楚周圍的布里亞特人由于不堪忍受沙皇的殘暴統(tǒng)治，紛紛起義，并要求與清朝使團聯(lián)合進(jìn)攻尼布楚。再加上俄國為奪取黑海出海口正與奧斯曼帝國作戰(zhàn)，也不能兼顧東方。以上因素促使戈洛文不再猶豫，同清政府簽訂了中俄《尼布楚條約》。

1689年9月7日，中俄雙方舉行隆重的簽字儀式，索額圖和戈洛文先在條約上簽字、蓋章，然后宣讀誓詞，相互交換條約。這個條約就是《尼布楚議界條約》。為表示慶賀，雙方互贈禮品，還舉行了盛大的宴會。《尼布楚條約》是中國與外國劃定邊界的第一個近代主權(quán)國家間的條約。簽訂這個條約的中國政府是清朝廷，但使用的國名是中國。比如中國首席代表索額圖的全銜是：“中國大圣皇帝（dulimbai gurun i enduringge hūwangdi）欽差分界大臣議政大臣領(lǐng)侍衛(wèi)內(nèi)大臣”，就是說，他是中國皇帝欽差，行使中國主權(quán)。《尼布楚條約》對疆界劃分與兩國人民歸屬的稱謂，使用的是“中國”與“中國人”來稱呼。這是以國際條約的形式第一次將“中國”作為主權(quán)國家的專稱。