法院判決，雙方相互道歉，刪除侵權微博，相互賠償對方四萬五千元。

對此，方舟子表示他不認可法院判決。方舟子稱自己主要是在科普轉基因的知識、澄清崔永元等人散布的謠言，只是偶爾諷刺、調侃幾句。而崔永元則基本上是在對他進行人身攻擊。他還稱早就猜到法院會各打五十大板，偏袒崔永元，但這與事實不符，會上訴。

下午，崔永元也發微博稱不服判決將上訴。他在微博稱：“海淀法院法官辛苦了，看了判決書我決定上訴，因為我認為法庭沒有認定我稱方是民是網絡流氓和騙子是客觀描述，是那么恰如其分，竟然特別準確，而且證據充足，不存在侵害名譽權一說。況且，你們真沒覺得方是民是流氓和騙子?你們太堅強了話說。”