王祖賢與齊秦曾有一段感情，齊秦的成經典歌曲《大約在冬季》就是寫給王祖賢地，以寄托兩人相隔兩地的感情。據說，齊秦創作這首歌曲只用了15分鐘。

1993年圣誕節，王祖賢與林建岳公開戀情，雙雙出國度假，先后飛往加拿大、拉斯維加斯及夏威夷，直到次年1月10日才返回香港。途中媒體一路跟隨并報道，在香港造成很大反響。兩人度假返港后，隨即一起在三千萬豪宅同居。當時的林建岳已有5個兒女，他的家人也專門召開記者會，指責王祖賢為第三者，甚至不堪入耳的辱罵為“狐貍精”！王祖賢不得不與林建岳分手，回到臺灣，回到齊秦的身邊。

2000年左右，王祖賢和齊秦已經到了談婚論嫁的地步。正當他們準備結婚的時候，卻爆出齊秦有個私生子。2001年8月，齊秦的前女友方美芳以兒子方偉的名義將齊秦告上法庭，并索要撫養費1500萬元臺幣。齊秦在服兵役的時候和方美芳在一起，只不過后來齊秦越來越紅，兩人分手之后，方美芳才發現有了齊秦的孩子。

被官司一鬧，王祖賢已經沒有結婚的心思了。2001年10月，在齊秦不知情的情況下，王祖賢宣布退出影視圈，遠赴國外留學。

據傳，王祖賢現在有個小男友，比她小19歲。王祖先在加拿大重返校園，在一間國際語言學校讀書，期間和1名男同學譜出戀曲。