軍統局負責軍、憲、警部門以及對外的情報安全工作。其主要負責人為戴笠。軍統局分內勤、外勤，機構龐大，人員眾多，特工人員最多時多達五萬名，分布到國民黨的軍隊、警察、行政機關、交通運輸機構，乃至駐外使領館，專門以監視、綁架、逮捕和暗殺等手段進行反共反人民的特務活動。軍統局在許多地方設有集中營、秘密監獄和看守所，囚禁和迫害共產黨人、進步人士和革命學生，施以種種酷刑。

1946年，戴笠乘飛機失事死后，軍統局進行改組，其公開特務武裝的部分與軍委會軍令部二廳合并為國防部第二廳，由鄭介民任廳長。秘密核心部分組成國防部保密局，毛人鳳為局長。1949年，軍統主要機構撤至臺灣。看起來，明王朝的東廠和國民黨的軍統在本質上沒有什么不同，都是為了對付朝野反對派、維護自己統治而建立起來的專門的特務機構，但細細分析，兩者之間受時代和社會發展的制約，仍存在著許多不同，主要的不同有以下三條：

第一、權力權限不同。明王朝的東廠是凌駕于朝廷六部九卿之上的獨立的專制機構，上至朝廷重臣，下至平民百姓，他們都可以隨意秘密緝捕、審問、處死。可以說，東廠廠主掌握著一人之下、萬人之上的生殺予奪大權。相比之下，國民黨的軍統權力要小的多。他們名義上還要服從國防部的領導，對朝野出現的重大事件和重要人物，必須先請示匯報，然后再作處理，即便是軍統局長戴笠、毛人鳳也不敢輕易處置。

第二、組織機構不同。明王朝的東廠的下屬組織雖然設千戶一名，百戶一名，掌班、領班、司房若干名，還有具體負責偵緝工作的役長和番役，但他們活動范圍主要在京城，而在京城以外的地方他們就很少設立機構。而國民黨的軍統除了內勤組織有八處、六室、一所外，其外勤組織還在全國的各大城市設“區”，在各省設“站”，在一些重要城市設“特別班”。其基本組織為“組”及直屬情報人員。因此軍統比東廠的組織機構更精細，更嚴密。

第三、活動特點不同。明王朝的東廠雖是特務偵緝機構，但他們以坐班監視現任官員、會審朝廷大案要案，以及負責檢查各種邊報、塘報，和衙門之間的各種公文為主，只對一些特殊的案件進行秘密偵緝和暗殺活動。而國民黨的軍統是以秘密偵緝為主，并形成秘密偵緝、抓捕、關押、審訊、處置等系統性、規律性的活動特點。1943年，軍統和美國海軍參謀部情報署合作，共同組成“中美特種技術合作所”，得到大批美國新式器材和武器，并讓幾百名美國特務來華，向四萬多特工人員傳授各類“特種技術”，這使國民黨軍統特務活動更加猖獗。重慶的“白公館”、“渣滓洞”兩個集中營成了他們殺人的魔窟。