東林黨自打自臉
崇禎殉難，清軍入關，天下危在旦夕的時候，與清王朝隔江而對的南明弘光政權，成了再造大明王朝的新希望，但這政權一建立就不給力，國家大事沒怎么處理，先鬧出了一樁南明版的“爭國本案”。
南明王朝建立后，圍繞著誰當皇帝的問題，江南的東林黨和權臣馬士英一派各執一詞。“爭國本”時代堅守“立長”法統的東林黨，在這場爭斗中反而又搬出了“立賢”的論調，即藩王里誰有能力，就立誰當皇帝。當時的三大熱門候選人，分別是馬士英推舉的福王，東林黨推舉的路王，以及遠在廣西的桂王。
兩派人爭爭吵吵，沒想到福王朱由菘自己把這個問題解決了，他寫信給南明手握重兵的江北三鎮，即高杰，黃澤清，劉德功三位總兵，取得他們支持后，隨即帶兵進了南京，然后就順利登上了皇位。這種登基方式，也帶來了一個負面影響：關系南明國土安全的江北三鎮，從此以開國功臣自居，南明政權對他們再難節制。
公務員泛濫成災
南明弘光政權中把持大權的馬士英，在崇禎時代曾多有建樹，也出了名的仗義。曾經慷慨解囊，為大文學家張溥料理后事。但南明時代，他卻被罵做奸臣。
真正找罵的，主要是這幾件事：一是在朱由菘登基后，他啟用好友，當年曾迫害東林黨的“閹黨”阮大鋮出山，使他與東林黨關系激化。而后阮大鋮大肆報復排擠東林黨，更鬧得政權烏煙瘴氣。
二是福王即位后，他干的第一件事，就是出賣了東林黨重量級人物，后來死守揚州的民族英雄史可法。當年討論南明皇帝人選時，史可法有著名的“七不可”論，即七條反對朱由菘即位的理由。而這一切，馬士英早就給朱由菘匯報了。結果，招來朱由菘記恨的史可法，不得不以外出“督師”的名義避禍。
第三，則是他在南明擔任內閣首輔期間的經濟改革，主要是提高南明的鹽稅和酒稅，以充實國庫，為了解決財政困難，他更大肆賣官鬻爵，各級官職都明碼標價，當時南明就有民謠稱“都督多如狗，職方滿街走”，南明的官，已經多到泛濫了。
